Wieś przed II wojną światową nosiła nazwę Brzeziny, jednak komunistyczne władze - aby zrobić na złość mieszkańcom po tym jak nie chcieli zapisać się do gminnej spółdzielni - zmieniły nazwę na Wilki. Do 1998 roku należała do województwa elbląskiego. W latach 1980 - 1995 wyprowadziła się większość mieszkańców wsi, co skutkowało zmniejszeniem się zabudowy, która została rozebrana przez okoliczną społeczność z kombinatów PGR Braniewo. Niestety w dzisiejszych czasach wieś ma bardzo ubogą zabudowę.
na rok 1985 i 2021
W roku 2021 we wsi Wilki mieszkała jedna osoba. W 2021 we wsi były trzy gospodarstwa rolne, z czego tylko jedno funkcjonuje (jedno zostało zniszczone przez Rosjan na krótko po zakończeniu II wojny światowej, a drugie po prostu zostało opuszczone), a wszystkie gospodarstwa umieszczone w centrum wsi (zamieszkałe przez rodziny o nazwiskach: Rachuba, Hajdaczuk, Kowalczuk) zostały rozebrane przez okolicznych "wandali", jednak po oględzinach SKR zaobserwował pozostałości budynków w postaci fundamentów i ścian.